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我校姚新生团队首次完成蝙蝠TR Loic-VDJC胚系基因注释和TCR CDR3组库特征分析等研究
2023-11-16 17:06 (阅读:)

蝙蝠是唯一会飞行的哺乳动物,约占哺乳动物种类的20%(仅次于啮齿目),含20科,1200多种。蝙蝠因携带多种人畜共患病毒而无明显疾病表现、长寿命、肿瘤发生率低和代谢高的典型生物学特征,在医学以及生命科学领域受到越来越多的重视。

我校姚新生团队基于马铁菊头蝠、苍白矛吻蝠、伏翼的TRB-VDJC胚系基因注释,生成了蝙蝠TRB胚系基因参考数据库,初步构建出用于分析不同种类蝙蝠TCR CDR3组库,建立了初步试用于蝙蝠TRB-VDJC分析的MiXCR分析工具平台。通过杭州艾沐蒽公司完成的中菊头蝠样本制备、5’RACE法进行TCR beta chain CDR3组库的建库、ImmuHub?技术平台二代测序,获取原始的下机数据(数据已在公共平台共享),从VDJ的取用、CDR3区的长度和AA组成、CDR3 motif、CDR3的多样性和克隆性、CDR3区核苷酸的插入和缺失等特征,根据团队多年在人和小鼠TCR CDR3组库研究中的积累,首次对比阐述了蝙蝠TRB CDR3组库的基本特征,为开展蝙蝠T细胞抗病毒、抗肿瘤的特异应答或耐受机制,提供了全新的解决方案。

该研究采用IMGT-LIGMotif和12/23 RSS motif screen等工具和方法,首次从胚系基因水平注释出马铁菊头蝠、苍白矛吻蝠、伏翼的TRB的VDJC基因和RSS序列:Rhinolophus ferrumequinum:29 TRBV;15 TRBJ;2 TRBD;2 TRBC;Phyllostomus discolor:100 TRBV;13 TRBJ;2 TRBD;2 TRBC;Pipistrellus pipistrellus:15TRBV;13 TRBJ;2 TRBD;2 TRBC。将3种蝙蝠TRB-VDJC基因,同目前已注释的哺乳动物TRB基因座基因进行了同源性和差异比较(IMGT中完整TRB基因座注释的哺乳动物: 牛,骆驼,狗,猫,猩猩,鼠,人,猴,雪貂,兔,羊,猪)。新增加的蝙蝠TRB VDJC胚系基因注释,使具有完整的哺乳动物TRB基因座物种数目由12种增加到13种,为探讨蝙蝠T细胞应答的特征以及从进化角度对比分析不同哺乳动物之间适应性免疫的进化提供了具体的对比的基因序列(VDJC和RSS 序列已全部公开共享)。

本项目获得国家自然科学基金(31860257) 和贵州省高层次人才项目(No. [2018] 5637)的支持,目前课题组开展的创新性工作,为进一步开展蝙蝠的T细胞适应性免疫应答、蝙蝠和病毒的协同进化等研究提供了基础和全新的方向。(审核:一审李晓、二审杨清玉、三审李均,图文:基础医学院)

地址:贵州省遵义市新蒲新区校园1号路(新蒲校区)
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